国家级重点文物保护单位。瞿昙寺位于青海省乐都县瞿昙镇，距县城约21公里，距省会西宁70多公里。是青海著名的文物旅游景点和游览胜地，占地52亩，建筑面积约1万平方米。这座规模宏大的汉式建筑风格的藏传佛教寺院，是在明王朝扶持藏传佛教以统治藏区的政治背景下，由三罗喇嘛在洪武二十五年(1392年)创建的，明太祖朱元璋于次年以佛祖释迦牟尼的姓氏赐名为“瞿昙寺”,此后又经历永乐、洪熙、宣德各朝钦派太监及匠师扩建。
寺院选建在雄浑而清幽的风水形胜之地，沿着南向偏东的轴线布局，背倚罗汉山，前临瞿昙河，面朝凤凰山，远可望雪山，同自然环境有机和谐地融成一体。寺院原围有土城，形势险固，可惜目前仅存残垣断壁。
瞿昙寺建筑组群划分为前院、中院和后院三进院落，中院和后院周匝廊庑;沿着中轴线序列山门、金刚殿、瞿昙殿、宝光殿和隆国殿;两侧对称建有御碑亭、小钟楼、小鼓楼、配殿、香趣塔和大钟楼、大鼓楼等。其中，前区基本呈汉地佛寺“伽蓝七堂”格局。后区巍峨壮丽，冠于全寺的隆国殿，两翼有呈向上朝拱之势连缀抄手斜廊，还有造型端庄的大钟楼和大鼓楼对峙左右，则明显仿自明代北京紫禁城的奉天殿(太和殿)和两翼抄手斜廊以及文楼(体仁阁)、武楼(弘义阁)的布局意象，堪称明清北京故宫的“活化石”。另外，主体建筑群东北，还有一组两进院的活佛住所即囊谦，为青海地区民居建筑风格。
瞿昙寺的汉式建筑风格十分典型，在类型众多的藏传佛教寺院中独树一帜，实际也是清代北京和承德等地大量兴建的汉式藏传佛教寺院的先声。其基本完好的的建筑遗存，包括风水格局、廊院、抄手斜廊、建筑彩画、壁画、御碑等等，为古代艺术、文物和建筑史等研究留下了具有重要价值的众多珍贵实物资料，也成了为引人入胜的观光旅游胜地。
瞿昙寺，国务院公布的重点文物保护单位，位于青海省乐都县城南21公里处的马圈沟口。背依罗汉山，面临瞿昙河，北傍松花顶，南望照碑山，是一组古色古香的明代建筑群。自明洪武年间创建迄今，已历600多个春秋。这座寺，以雄浑古朴、文物珍贵和拥有高度艺术价值的巨幅彩色壁画驰名西北，被信仰藏传佛教的藏、蒙古、土等民族景仰为佛教圣地，迢迢远来，进香朝拜;也是青海省最著名的花儿盛会区之一。
瞿昙寺坐落在略成正方形的城堡内。土城名为"新城"。寺占新城面积的三分之二，占地1.5公顷，建筑面积约10，000平方米，由前、中、后三进院落组成。从山门起的的中轴线上，依次为金刚殿、瞿昙殿、宝光殿、隆国殿等大型宫殿式建筑，两侧建有御碑亭、护法殿、壁画廊、左右小经堂、四座镇煞佛塔、大小钟鼓楼。这些形制各异的殿堂，错落有致，气势宏伟。据说，瞿昙寺创始人三罗喇嘛选择这块圣地时，罗汉山松柏参天，瞿昙河畔杨柳荫浓，一泓清泉流于石山，水光接天，明彻半壁。三罗面对灵地，歇杖憩息。临行时忘携禅杖，回去取时，禅杖已在泉边扎根生长，后来就成为象征高?的珍珠树。寺的正门叫山门，宽三间，面积150平方米。在前院左右两侧分布着两座御碑亭，藏语叫"四门碑亭”。院西侧还建有金刚殿，他是前、中院的分界和过道，十分幽雅。瞿昙寺殿居中院前部，初建于民洪武二十五年( 1392年)，清乾隆47年( 1782年)改建葺修。 宝光殿居中院后部，竣工于永乐16年( 1418年)。隆国殿，俗称大殿，和瞿昙寺殿、宝光殿在同一条中轴线上，是全寺最高大壮丽的建筑，面积约900平方米，重檐庑殿顶，四面设明廊，屹立在宽大的须弥座台基上，前面伸出月台一方，月台左右各设踏垛九级，四面以红砂石栏杆围绕。大小钟鼓楼分别在隆国殿前左右两侧，东西对峙，上设隔扇槛窗，平台外加护栏，可供游人凭栏远眺，欣赏寺内外风光。 壁画廊的巨幅彩色壁画，即所谓“七十二间走水厅”，面积约400平方米，堪称为该寺艺术之最。壁画所绘，多为佛教传说故事。“叨利天众迎佛升天宫图”、“善明菩萨在无忧树下降生”、“净饭王新城七宝衣履太子体”、“龙王迎佛入龙宫图”、“六宫娱女雾太子归宫图”等等。构思巧妙，驰骋想象，贯通三界，纵横太空。技法之纯熟，形象之生动，达到很高的境界，虽历经五百余年，色彩依然鲜艳夺目。德国、加拿大、澳大利亚等国外宾曾来参观，其中有人赞叹说：“画技精炼，构思奇特，真是画中瑰宝，不可多得”。
藏语称“卓仓拉康果丹代”，亦称“卓仓多杰羌”，意为 “乐都持金刚佛寺”，附近群众俗称“拉康囊”，意为“佛堂内”。位于曲坛乡所在地，南距县城约17公里。瞿昙寺的开创僧三罗喇嘛，法名为桑杰扎西，《明史》作“桑儿加查实”，俗称海喇嘛，生于元末至正年间，明永乐十二年(1414)卒，系西藏洛扎县卓垅人，为噶玛噶举派僧侣。约在明初，三罗喇嘛游历来青海，曾长期住青海湖海心山静修，后移居乐部南山。明洪武二十二年(1389)，被朱元璋请到京城，尊为上师，并由明王朝拨款，于洪武二十五年(1392)建寺。翌年，朱元璋赐名“瞿昙寺”。
瞿昙寺从初建到后来的扩建，都得到明王朝的大力扶植，明朝封三罗喇嘛为西宁僧纲司都纲，成为西宁卫的宗教首领。明王朝历届皇帝为瞿昙寺赐匾额、修佛堂、立碑记、封国师、赐印诰 ，以瞿昙寺为纽带，加强对河湟流域以及柴达木地区的统治。三罗喇嘛的家族成员定居瞿昙寺一带，世代为当地土官，该家族因来自卓城，故称“卓仓”，当地发音作“角仓”，后来又逐渐成为乐都南山地区的地名。又因三罗喇嘛与西藏佛教噶举派祖师玛尔巴同族，故称其家族为“玛尔仓”，意为“玛尔家族”，当音变为“梅氏家族”。梅氏家族直到解放前夕的瞿昙寺管家梅香曲，一直是当地的实权人物。瞿昙寺在清代前期仍受到中央王朝的重视，该寺出身于梅氏家族的班觉丹增，在康熙年间受封为“灌顶净觉弘济大国师”，其侄阿旺宗哲亦得到同样的封号。雍正元年，罗卜藏丹津反清，瞿昙寺受到牵连，寺主阿旺宗哲在兰州被囚禁7年，所赐印诰收回。自此，瞿昙寺走向衰落。
瞿昙寺原属噶举派寺院，明末格鲁派崛起后，改宗格鲁派，出现了智合仓、卓仓曼巴仓、卓仓居巴仓三个转世活佛系统，其活动中心转向塔尔寺，在塔尔寺建有噶日哇。其中，智合仓以该寺开创僧海喇嘛为第一世，成为该寺寺主。“智合” 意为石岩，源自海喇嘛曾修炼于当地的官隆岩洞，故名“智合仓”，亦称“智合木洛”。实际智合仓的转世系统始于班觉丹增。班觉丹增又名官却图多央增，清康熙年间出生于梅氏家族，受封为“灌顶净觉弘济大国师”。二世罗桑丹贝尼玛(1744 ―1807)，凉州乃亥央人，曾于1793年任塔尔寺第三十六任法台;三世噶桑丹增嘉措(1810-1873，亦作罗桑旺秀噶桑嘉措)，凉州达垅沟人，1851年任塔尔寺第五十六任法台;四世罗桑噶桑嘉措，1876年出生于乐都南山，1899年曾任塔尔寺第七十六任法台。1958年前，瞿昙寺保存有海喇嘛及从班觉丹增至罗桑噶桑嘉措历辈转世的灵塔。因其二、三世出生于凉州，故当地以他们的生地称之为“凉州佛”。又因该系统追认的第一世三罗喇嘛传说乘骑一头白牛，人称“朗嘎哇”，故亦称瞿昙寺寺主智合仓活佛为“朗嘎哇”。卓仓曼巴仓源自一世智合仓班觉丹增之弟阿旺诺尔布。阿旺诺尔布亦住持过瞿昙寺，谢世后以贡塘活佛弟子罗桑贡却尼玛为其转世，曾任塔尔寺曼巴扎仓第十五任堪布，故称该转世系统为“曼巴仓”。卓仓居巴仓源自一世智合仓班觉丹增之侄阿旺宗哲。阿旺宗哲又名宗哲桑布，雍正年间曾被清朝在兰州拘禁7年，去世后以噶桑扎西嘉措为其转世。噶桑扎西嘉措，1779年生，曾任塔尔寺居巴扎仓第三十九任堪布，1828年任塔尔寺第五十任法台，故称该转世系统为卓仓居巴仓。解放前夕，该寺三个活佛系统只剩下智合仓(凉州佛或朗嘎哇)和卓仓居巴仓(亦称居巴佛)两个活佛，其中本世智合仓为寺主，名仓成善，现平安县政协委员。
历史上瞿昙寺领属13寺，但13寺的全部情况缺乏详细记载。据《安多政教史》记载，清道光二十九年(1849)，瞿昙寺有属寺10座，即称作“卓仓贡扎什伦布”的药草台寺，瞿昙寺背侧的宗塔静房、杰拉静房、甲本静房，瞿昙寺正面的辛钦静房，瞿昙寺东面约900米处的尕楞桑珠林寺，瞿昙寺上部沟脑的多杰扎玛静房、交头洞静房、角加静房，位于今中坝乡的普拉央宗寺。以上佛寺，除药草台寺和普拉央宗寺外，其余规模都不大，解放前夕多已消亡。药草台寺为瞿昙寺下院，是瞿昙寺僧人的主要学经处，普拉央宗寺则为主要静修地。
